SHISH dhe konflikti me politikën
SHISH ka pasur një konflikt me politikën në Shqipëri vazhdimisht. Deri në vitin 1997, ish- SHIK, i drejtuar nga Gazidede, u perceptua si një përndjekës i opozitës. Në atë kohë, drejtuesit e opozitës kanë akuzuar Shërbimin sekret për survejime të aktivitetit politik të tyre. Pas vitit 1997, opozita sërish e akuzoi SHISH, dhe sidomos Fatos Klosin, për përndjekje të saj. Kulmi u arrit me vrasjen e Azem Hajdarit dhe ngjarjet që pasuan. Më pas Klosi ishte në konflikt dhe me kryeministrat socialistë Majko, Meta e Nano derisa e shkarkuan në vitin 2002, pas marrëveshjes së famshme Nano-Berisha. Prej vitit 2003, në të vërtetë SHISH doli nga debati politik në Shqipëri. Emërimi i Hysenajt dhe më pas i Shaqirit në krye të SHISH-it, mbylli debatin politik rreth tij dhe për gati dhjetë vjet ka qenë institucion i paprekshëm nga politika. Prej vitit 2005, Berisha bëri disa herë përpjekje për të shkarkuar Bahri Shaqirin, por kontestimi i LSI-së dhe i mbrojtja e amerikanëve bënë që të dështonte. Në verën e 2010-ës, qeveria çoi në Parlament projektligjin për kufizimin e mandatit të kryetarit të SHISH-it, që në fakt është nga të vetmit titullarë që s’ka afat kohor në detyrën tij. Por katër votat kundër të LSI-së dhe kundërshtimi i hapur i ambasadës së SHBA në Tiranë sprapsën mazhorancën e atëhershme ta kalonte draftin në votim. Gjithçka u vendos verën e vitit 2012, kur Bujar Nishani firmosi ndër dekretet e para ndryshimin e drejtorit të SHISH-it. Presidenti Nishani tha se kishte firmosur shkarkimin e Shaqirit, pasi ai nuk mund të pengonte Kryeministrin të ushtronte detyrën e tij.
Drejtuesit e SHISH-it ndër vite:
01.08.1991 deri 29.06.1992, Irakli Koçollari
29.06.1992 deri 09.04.1997, Bashkim Gazidede
09.04.1997 deri 29.05.1997, Astrit Kodra (me komandim)
29.05.1997 deri 21.08.1997, Arben Karkini
21.08.1997 deri 07.08. 2002, Fatos Klosi
07.08. 2002 deri 18.11.2002, Petrit Myftari (me komandim)
18.11.2002 deri 27.01.2005, Kujtim Hysenaj
27.01.2005 deri 09.08.2012, Bahri Shaqiri
09.08.2012 e në vazhdim, Visho Ajazi Lika